Bəstəkar, pianoçu, caz-muğam üslubunun banisi, Azərbaycan SSR əməkdar artisti Vaqif Əziz oğlu Mustafazadə Cazın şahzadəsi kimi tanınan Əzizə Mustafazadənin atasıdır.
16 mart 1940-ci ildə Bakı şəhərində İçəri Şəhərdə anadan olmuşdur. Atasının ölümündən sonra, anası Vaqifin tərbiyəsi ilə məşğul olmağa başlayır. O yerli məktəbdə musiqi müəlliməsi idi.
1963-cü ildə Asəf Zeynallı adına Bakı Musiqi Kollecini bitirib, Bakı Musiqi Akademiyasına daxil olmuşdur. İlk məşhurluqda elə bu zaman gəlir. Vaqif burada kiçik konsertlər verir, klublarda çıxış eləyir. O əsasən klassik caz, bluz və oynaq mahnılar ifa edir.
1964-cü ildən "Orero" ansamblına, "Qafqaz" caz üçlüyünə, "Leyli" və "Sevil" qadın vokal instrumental və "Muğam" instrumental ansambllarına rəhbərlik etmişdir. Beynəlxalq caz müsabiqələri və festivallarının ("Tallin-66", "Tbilisi-78", Monte-Karlo) laureatı olmuşdur.
1979-cu ildə Monakoda qeyri-adi şərtlərlə yeni festival keçirilir. Bu festivalın şərtlərinə görə əsərin müəllifi, ifaçısı və ölkəsi gizli saxlanılmalıdır. Festival başa çatdıqdan sonra 100-lərlə naməlum ad içərisindən bizə doğma ad çəkilir. Azərbaycan, Vaqif Mustafazadə. Monako caz festivalından vətənə "Ağ royal" mükafatı ilə qayıdır və növbəti konsertlərinə hazırlaşır.
Fortepiano və simfonik orkestr üçün konsertin, "Muğam" simfoniyasının (tamamlanmamış), bir sıra caz kompozisiyalarının və pyeslərin müəllifidir.Vaqif Mustafazadə Azərbaycan caz musiqisinin banisi və yeni caz fikrinin (devizinin) təsisçisidir. O, Azərbaycan musiqisinin, muğamın klassik Amerikan caz musiqisi ilə sintezini yaradıb. Onun yeni devizi Caz-Muğam adlanır. O, Azərbaycan Muğam Caz Hərəkatının memarıdır.
Xalq musiqisi, muğamdakı improvizasiyalarda caz elementləri görmüş və orijinal bir janr ortaya çıxarmış „Muğam" simfoniyasının müəllifi Vaqif Mustafazadə 1979-cu ildə Azərbaycan Respublikasının əməkdar artisti fəxri adına layiq görülür. 1965-ci ildə Gürcüstan Dövlət Filarmoniyasında "Qafqaz" adlı trio yaradır. 1970-ci ildə "Leyli" vokal kvartetini yaradır. 1971-ci ildən 1977-ci ilə kimi "Sevil" vokal-instrumental qrupuna başçılıq edir. 1977-ci ildən 1979-cu ilə kimi "Muğam" instrumental qrupuna başçılıq edərək "Tallin-66" və "Tbilisi-78" caz festivallarının laureatı olmuşdur. 1978-ci ildə Monakoda keçirilən 8-ci Beynəlxalq Caz Festivalında "Əzizəni gözləyirəm" musiqisinə görə birincilik mükafatı almışdır. 1979-cu ildə Azərbaycanın əməkdar artisti adına layiq görülmüşdür. 1982-ci ildə artıq ölümündən sonra Azərbaycan Dövlət Mükafatına layiq görülmüşdür. O, forte-piano konsertlərinin, "Muğam" simfoniyası və başqa forte-piano şedevrlərinin müəllifidir.
1982-ci ildə artıq ölümündən sonra Azərbaycan Dövlət Mükafatına layiq görülüb.
O, 16 dekabr 1979-cu ildə Daşkənddə qastrol zamanı ürək tutmasından vəfat etmişdir. Bakıda dəfn olunmuşdur. Vaqifi Mustafazadə haaqında "Caz əfsanəsi - Vaqif Mustafazadə" adlı sənədli film çəkilmişdir.
1989-cu ildə o zamankı Mədəniyyət Naziri Polad Bülbüloğlunun təşəbbüsü ilə Vaqif Mustafazadənin ev muzeyi yaradılıb. Muzeyin ilk rəhbəri cazmenin anası Zivər xanım olmuşdur. Ölümündən bir müddət əvvəl cazmenin anası muzeyi qardaşı qızı Afaq xanıma vəsiyyət edib. 1997-ci ildən etibarən muzeyin rəhbəri Afaq Əliyevadır. 2004-cü ildə məhz onun təşəbbüsü ilə muzeyin həm özü, həm də eksponatları təmir edilmişdir. Həmin ildən etibarən muzey Azərbaycan Respublikası Mədəniyyət Nazirliyinin balansında dövlət muzeyi kimi fəaliyyətə başlamışdır.
Vaqif Mustafazadə Azərbaycan caz musiqisinin banisi və yeni caz fikrinin (devizinin) təsisçisidir. O, Azərbaycan musiqisinin, muğamın klassik Amerikan caz musiqisi ilə sintezini yaratmışdır. Onun yeni devizi Caz-Muğam adlanır. O, Azərbaycan Muğam Caz Hərəkatının memarıdır. Onun həyat yoldaşı Eliza Mustafazadə Azərbaycanın peşəkar caz-muğam tərzində oxuyan ilk qadınıdır.